动画片《阿贡》的主角是一只既可爱又厉害，长相好似恐龙幼崽的不明生物，故事讲述的是一只个子小小却长着一个大脑袋的阿贡在森林中玩耍、在原野上奔跑、在高山上冒险、在海洋中畅游的故事。阿贡有着健康强壮的身体，谁都无法伤害它，它惬意的生活在森林中。有着纯真的性格，经常与森林中的其他小伙伴快乐的玩耍，饿了会一起去寻找美味的果实、蔬菜、鱼虾。有着无所畏惧的勇气，遇到强大敌人的挑战也从没有过退缩，在遇到高山大河时敢于挑战。也有着贪玩贪睡的孩子气，在累了的时候它会拉着毛茸茸的朋友一起睡觉，享受伙伴带给它的温暖，会骑着狮子大象进行奔跑，享受速度带来的快感。有了它森林每天都发生着有趣的事情。
这是一个忍者依旧活跃在舞台上的世界。然而和过去不同，如今的忍者多为富翁和政治家效力，帮助他们干一些见不得人的勾当，这样失去了信仰的忍者被称为“恶忍”。为了对抗日益壮大的恶忍势力，政府建立了半藏学院，将那里作为培养“善忍”的地方。天真活泼的焰（喜多村英梨 配音）、出身贫困却有着格外坚韧的意志的咏（芽野爱衣 配音）、沉默寡言丝毫不表露任何感情的日影（白石凉子 配音）、看上去像个小孩其实对自己身材十分在意的未来（后藤沙绪里 配音）、腹黑狡猾但实际上充满了母性光辉的春花（丰口惠美 配音），在学校里，这五名少女相遇了。
