《命运石之门第二季》主人公冈部伦太郎经历无数的苦难，跨越了尽头悲哀的放弃了挽救“她”的世界线的故事。 失意至底的冈部伦太郎。 被“封印”的“凤凰院凶真”。 担心他的伙伴们。 新登场的角色们。 未被拯救的“她”到底怎么了？ 《STEINS；GATE》中没有登场的新的角色迎来被描绘的“0”的故事。 是的，那里的“她”现在也在——
常夏の孤島?青藍島（せいらんとう）。 この島に生家のある橘淳之介は、両親の死をきっかけに 妹?橘麻沙音と共に帰島することになった。 しかし青藍島は人口減少に待ったをかけるべく施行された ドスケベ条例によって、島中どこでもドスケベセックスが 許可?推奨されており、「性産的行為」を拒否すると 犯罪に等しい処罰を受けることになってしまう狂気の島であった。 誇り高き童貞にして処女厨であった淳之介はこの条例に疑問を持ち、 自身と愛する妹の純潔を守るべく、 反交尾勢力?NLNS(No Love No Sex)を立ち上げ、 ドスケベ条例の破壊を目指して動き始める――！ 「俺が…ドスケベ条例をぶっ潰す！」
哈洛克 (S-00999)、大山藤一郎 (S-00998) 和艾梅拉达斯 (X-00001) 乘坐阿卡迪亚号逃离被侵略者伊鲁米达斯占领的地球。随后，他们被列入全宇宙通缉名单，通缉代号为 SSX，尽管遭到了 Illumidas 军队的攻击，他们仍然与包括外星人 La Mime 在内的同伴一起继续旅程，寻找他们认为存在于宇宙某处的乌托邦“阿卡迪亚”。战斗中，地球男孩物野忠、女孩利威尔和雪萤加入了队伍，班博士则担任船医。另一方面，伊路米达斯地球占领军命令年轻的天才科学家佐恩先生对阿卡迪亚号进行分析和调查，以建造一艘超越阿卡迪亚号的飞船。佐恩先生也踏上了前往阿卡迪亚的太空之旅。
