故事描述女主角小樱（木之本樱）与男朋友小狼（李小狼）和其他同学从小学毕业后升上初中的故事。在一次小樱做梦梦到53张樱之卡上面的图案都消失了，一名神秘人物出现之后库洛牌都碎掉了，小樱从这个梦醒来翻开封印之书发现库洛牌都变成透明的了!在与知世、小狼和艾力欧的讨论下，小樱重新踏上了收集透明牌的故事。
一切的开始追溯到1987年9月，在日本某处发生的离奇事件。事件发生之后的10多年来一直和未知的威胁对抗的火岛博士和与那岭博士组成了开发小组并在双神岛建设了研究所，著手进行地球制弹劾凰机械人的开发计划。多年后，终于完成了称之为“素体”的机械人原型机体。但是，就在这时候，主张此后的量产计画应以生产导向及效率为优先的无人驾驶机械人的火岛博士和为了防止万一机械人不听指挥发狂时的危险性的有人驾驶机械人的与那岭博士之间产生对立。经过长久激烈的争论后，火岛博士的提案因为危险性太高的理由被驳回而决定生产有人驾驶的机械人。火岛博士同时也被逐出研究所。
周防勇斗（酒井广大 配音）是一个普通的中学二年级学生，不久之前，他的母亲过世了，勇斗因此和父亲之间产生了巨大的误会。一次偶然中，勇斗被传送到了名为“攸格多拉西尔”的异世界中，这个世界正处于战乱年代，各族纷争不断，都在争夺着统治者的宝座。勇斗凭借着自己在现代世界学到的铸铁知识取得了狼族人的信任和认可，一跃成为了领袖人物。成熟稳重但有着意外孩子气一面的菲丽希亚（末柄里惠 配音）、对待任何人都十分冷淡的吉可露妮（伊达朱里纱 配音）、聪明可靠的工坊主人茵格莉特（河濑茉希 配音），围绕在勇斗周围的，是这些骁勇善战的女武神们。
