动画片《阿贡》的主角是一只既可爱又厉害，长相好似恐龙幼崽的不明生物，故事讲述的是一只个子小小却长着一个大脑袋的阿贡在森林中玩耍、在原野上奔跑、在高山上冒险、在海洋中畅游的故事。阿贡有着健康强壮的身体，谁都无法伤害它，它惬意的生活在森林中。有着纯真的性格，经常与森林中的其他小伙伴快乐的玩耍，饿了会一起去寻找美味的果实、蔬菜、鱼虾。有着无所畏惧的勇气，遇到强大敌人的挑战也从没有过退缩，在遇到高山大河时敢于挑战。也有着贪玩贪睡的孩子气，在累了的时候它会拉着毛茸茸的朋友一起睡觉，享受伙伴带给它的温暖，会骑着狮子大象进行奔跑，享受速度带来的快感。有了它森林每天都发生着有趣的事情。
在人类将生活领域和自身欲望扩张到宇宙的时代，寻求自由的人们移民到宇宙中居住，他们的睿智孕育出发达的文明，不知不觉转变为对地球的一种威胁。宇宙历0156年，地球联邦政府经历了与祖母星格兰地玛斯有史以来的第四次接触（4th note），也正是从这一年开始，联邦政府与【梅杜斯子民】之间的对抗正式拉开帷幕。战争永无止境，牺牲不断增加……为了打开战局，联邦政府派出一名英姿飒爽的青年加入战局。年轻人名叫斯巴鲁•一之濑，不仅长相帅气、成绩优异，而且是宇宙战舰【提拉米斯】的王牌驾驶员。全人类的希望都寄托在他的身上。——然而，他实际上是个难以融入提拉米斯舰内集体生活，整日将自己关在专用机“杜兰德尔”驾驶舱内的“窝里蹲”……
芹沼花依（小林优 配音）是一个胖胖的平凡二次元女孩，精通耽美文化，喜欢意淫身边的帅哥。因为身材的原因，花依在班级中总是容易被忽视的那一个，可只喜欢二次元角色的花依对此并不在意，对“恋爱”也没有任何幻想。在喜欢的动画角色死掉后，心碎的花依日渐消瘦，竟然在误打误撞之中抵达了颜值的巅峰，并因此被卷入了复杂的感情漩涡之中。
尤娜（斋藤千和 配音）是高华国的公主，从小生活在父亲的精心呵护之下，尤娜的性格单纯而又善良。尤娜一直暗恋着堂兄苏芳（小林裕介 配音），苏芳亦对尤娜爱护有加，然而，尤娜的父亲伊尔（赤城进 配音）却十分反对两人的交往。即便如此，尤娜依然无法放弃心中对于苏芳的爱恋，某日，她决定将这感情向父亲倾诉，却因此意外撞破了苏芳将父亲杀死的场面。就这样，尤娜和护卫哈克（前野智昭 配音）踏上了逃亡的旅途。忠诚的白龙季夏（森田成一 配音）、外冷内热的青龙弦亚（冈本信彦 配音）、温柔体贴的绿龙翟鹤（诹访部顺一 配音）、可爱的黄龙泽诺（下野紘 配音），只有得到了他们的帮助，尤娜才有可能获得生存的希望。
