故事发生在日本的明治末年，石川啄木（浅沼晋太郎 配音）是拥有着极高才华的歌人，遗憾的是，才华并不能当饭吃，石川总是苦苦的挣扎在贫困线上。为了赚钱，他将自己所住的公寓改造成为了一家私人侦探所，取名为啄木鸟侦探社，专门受理社会中的疑难杂案。个性温厚老实，总是毫无怨言的协助石川办案的金田一京助（樱井孝宏 配音）、东京帝国大学的高材生野村胡堂（津田健次郎 配音）、热爱文学，对一切都充满了好奇心的青年平井太郎（小野贤章 配音）、个性害羞软弱，却总是为朋友着想的萩原朔太郎（梅原裕一郎 配音），和石川一起探索各种怪奇事件真相的，是这些可靠而又善良的朋友们。
2031年，由于作为次世代能量装置而开发的“量子反应堆”的暴走事故，世界剧变。突然从地下蔓延的闪光，吞噬都市楼群、覆盖大地，最终，超越、融合了生物、机械、植物的未知特异进化生物“B.R.A.I”出现了。7年后，翔龙重生为绝对防卫都市“新翔龙”。它以惊人的速度完成进化，并成为与陷人类于灭亡危机的B.R.A.I相对抗的人类最后的希望要塞。被命运所引导而集合在新翔龙的雷昂、可依、坤灵、道格。将他们迎入防卫军的塞西尔、凯恩、杰、格伦。于是，赌上人类存亡而战的特殊部队“潘多拉”诞生了。契约之时，希望被托付给了他们——
