哈洛克 (S-00999)、大山藤一郎 (S-00998) 和艾梅拉达斯 (X-00001) 乘坐阿卡迪亚号逃离被侵略者伊鲁米达斯占领的地球。随后，他们被列入全宇宙通缉名单，通缉代号为 SSX，尽管遭到了 Illumidas 军队的攻击，他们仍然与包括外星人 La Mime 在内的同伴一起继续旅程，寻找他们认为存在于宇宙某处的乌托邦“阿卡迪亚”。战斗中，地球男孩物野忠、女孩利威尔和雪萤加入了队伍，班博士则担任船医。另一方面，伊路米达斯地球占领军命令年轻的天才科学家佐恩先生对阿卡迪亚号进行分析和调查，以建造一艘超越阿卡迪亚号的飞船。佐恩先生也踏上了前往阿卡迪亚的太空之旅。
友引高中二年级4班的学生诸星当，堪称史上最好色的男子，虽然有青梅竹马的阿忍，但他仍然四处搭讪，为了美女命都可以不顾。某天外星鬼族入侵地球，鬼族首领要求双方各派出一名代表，通过赛跑决定地球的命运。一向厄运缠身的阿当成了当之无愧的中彩者，鬼族则派出首领的女儿——身穿比基尼，吊眼梢，会飞会放电的小美女拉姆。这场重要的比赛最终以阿当获胜告终，而拉姆却爱上了这个不着调的对手。从此，他们的命运被紧紧联系在一起，也由此引发了一系列神奇、爆笑、感人的小故事…
岩仓玲音的同学四方田千砂自杀了。没有任何前兆的自杀事件让同学们不知所措，一周后，玲音收到了千砂的短信。明明已死的千砂居然以手机短信和玲音开始了交流。回到家，玲音用爸爸给她的电脑开始与千砂联系。当谈及为何自杀时，千砂回答说“因为我已经不需要身体了，没有身体，我可以在wired网络之间继续活着。”不解的玲音继续调查千砂的事件，发现wired网络之中隐藏的巨大秘密，玲音自己的身世也出现了谜团。玲音面对网络世界中的真相，耳边不断响起千砂的话“我生存在wired中，因为神在那里。
公元2067年，以银河系边境的星系为中心，丧失自我而狂暴化、极尽破坏之能事的“Var”症候群，正在逐渐扩大。察觉事态严重性的星间复合企业体，为了将这一症状镇静化，将少女们的“战术音乐组合Walküre”与执行共同作战的“Valkyrie部队”编成到一起。另一方面，“风之王国”的被称作“空中骑士团”的“谜之Valkyrie部队”开始行动。在“原始文明的遗产”之谜的交错当中，超越星系的热切恋情与友情的物语开幕。《超时空要塞》新作动画《超时空要塞Δ》制作的消息于2014年10月发表。2015年9月正式确定标题，同年10月29日举办了制作发表会，12月31日放送特别节目。
