本作以剑道高手的青年·甚太为主人公，描写了从江户到平成的漫长岁月里人与鬼的关系。江户时代，山间的村落葛野有被称为“何时姬”的巫女。担任巫女护卫的甚太，某天在前往任务的森林中，遇到了述说着遥远未来的不可思议的鬼——
舞台是浅草。初中二年级的矢逆一稀、久慈悠、阵内燕太三人，某天遇到了神秘的河童型生命体“Keppi”，并被强行夺走了尻子玉而变成了河童。“想要变回原状的话，就通过‘某个方法’产生联系，并把僵尸的尻子玉拿来吧”。Keppi如此告知三人。究竟少年们能否相互产生联系，并夺取僵尸的尻子玉呢？！与此同时，新星玲央和阿久津真武执勤的派出所，似乎也发生了什么。
这里是，“人”“神”“魔”各个种族混杂在一起的神秘世界密斯塔尔希亚。快活的玛娜莉亚王国公主“安”，内向的龙族公主“格蕾尔”。自两人的相遇之后，玛娜莉亚魔法学院的生活开始了。
