孤单伫立于京都寺町三条商店街的古董店“藏”。女高中生真城葵偶然地与“藏”店主的儿子家头清贵相识，并开始在“藏”打工。清贵虽然言行举止很温和，却具备令人恐惧的敏锐直觉，人称“福尔摩斯”。葵和清贵一起，开始受理与客人所带来的古董有关的各种各样的委托。
神州浩土，万物有灵，与精灵结成伙伴的天才被称为御灵师。被封印百年的少年石大力意外遇到了来自平行世界的御灵伙伴九尾天狐青青，踏上了成为首席御灵师、寻找自己身世之谜和守护世界的道路。
