《果宝特攻3》讲述了 菠萝吹雪 偶然间穿越到了 古代 的水果世界。古代水果尚未经过培植改良，都是野果， 菠萝吹雪 从他们身上学习到中华兵法及古代书画，立志成为为民除害的 英雄 。 菠萝吹雪 开始修复时光机的 旅程 ，竟然遇到了水果伙伴们的 祖先 ，最后帮助他们打败了 火龙果 ，并顺利回到 现代 。
上一场激烈的战斗已经结束了数千年，邪恶的金翅雕被封印在高塔之内永世不得翻身，为了重新获得自由，它复活了自己的爪牙蛇妖和蝎妖，又将葫芦山炸成七块，令葫芦兄弟们四散各地不能团聚。之后，蛇妖和蝎妖奉金翅雕之命找到落单的葫芦兄弟们，决心将他们逐一消灭，以实现金翅雕统治世界的野心，葫芦山神得知了这一可怕的阴谋，复活了爷爷。就这样，爷爷踏上了寻找葫芦兄弟的旅途，而失散的葫芦兄弟们则失去了记忆。爷爷必须快马加鞭，和时间赛跑，赶在妖怪们之前找到葫芦兄弟，与此同时，已经忘记一切的葫芦兄弟是否会想起从前，担负起拯救苍生的伟大重任呢？
用真诚善良美好来守护世界的三位天女和少年蓝天在经历混沌族大战后，遇到了新的危机—逃窜的混徒基拉度利用被抛弃玩偶的怨气卷土重来，大肆破坏人类世界的环境和安全，为了清除混乱元素，天女们踏上了寻找奏舞灵器的旅程。面对转学而来的任尔心的挑拨和捣蛋玩偶的阻碍，天女们不言放弃，战胜重重困难终于获得了奏舞灵器，不料基拉度偷走了奏舞灵器和朵法拉，召唤出混徒军团，计划在日食日解除混沌王也伮封印再次颠覆世界。为了人族所处的这个美丽的星球，瑞雪再天堂叔引导下成为新的天女，天女们温暖的关怀让尔心回归，成功拿回了奏舞灵器，正在大肆破坏环境的混徒军团一一被天女们的纯真和爱心净化。大决战时，天女们和混沌王斗智斗勇成功拿回朵法拉，同时成长为节奏天女，混沌王被消灭，世界继续在主张维护环境关爱内心的天女们的守护下继续美丽祥和
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