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在本季《超级飞侠12》中，超级飞侠依然会接收来自世界各地小朋友的电话，为小朋友定制他们需要的特别的东西，并将东西送到他们手上。当小朋友们遇到困难，乐迪会请求总部的帮助，超级飞侠将带来拥有各种属性的愿望能量球，和小朋友们一起摇身一变成为酷炫的愿望守护者，陪同小朋友一起解决问题。而上一季新登场的三位超级飞侠新成员：恐龙飞机超级飞侠大壮、速食卡车超级飞侠糯糯、高速火车超级飞侠咚咚，也会在这一季中展示他们的过人之处。而当困难升级，超级基地也会变成超级机器人，跟超级飞侠一起陪小朋友们度过难关。
故事延续第二季主线，灵界与斗魂卫在利益纠葛之下冲突不断，本季灵界派出强盛军队欲对斗魂卫赶尽杀绝，两方势力都在以正在举办门宗大会的五法山为中心汇集，在这里发生着惨烈的战斗与冲突。
三年之约后，萧炎终于在迦南学院见到了薰儿，此后他广交挚友并成立磐门；为继续提升实力以三上云岚宗为父复仇，他以身犯险深入天焚炼气塔吞噬陨落心炎……
现代女医生遭遇车祸，绝世美女也就罢了，竟然穿越古代成为人人喊打的叫花子。刚来就被抓进青楼，却意外得知这青楼的主人居然是当朝太子？不过救醒我的这位师父也太禁欲了。腹黑傲娇冰山公子？温润如玉暖心师父，看我一个一个吃抹干净！
本来只存于游戏世界的妖魔突然在现实世界降临，资深玩家顾青山与最终 boss 同归于尽后，穿越回到末日尚未开始之时，利用战神系统与各种末日灾难、妖魔、邪恶势力展开激烈战斗的故事
