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刚升上高中一年级的浅草绿，是个强调“设定即生命”的动画迷。虽然在素描本上描绘了各种各样的创想，却因独自行动就无法下决心的个性，而迟迟未能开始制作动画。同时，身为人气读者模特儿，被父母期待成为演员的同级生水崎燕，其实志愿成为动画师。拥有制片人气质的金森沙耶加，很快注意到了两位同级生的才能。三人为了展现脑内的“最强世界”，共同创立了映像研……

濑能名津流（井上麻里奈 配音）只是一个普通的高中生，但是，某一日，被选中的他居然变身成为了女体！并且，一只陪伴在他身边的内脏玩偶切腹虎（野村道子 配音）开口说起了话。切腹虎告诉濑能名津流，他被选中成为了“肯普法”，而作为一名肯普法，他的使命就是与同类“白色肯普法”进行战斗。濑能名津流的生活从此与普通二字再无关联，令他意外的是，他周围的几个可爱女生，居然都是肯普法战士。性格内向，但变身之后就会万分可爱的美嵨红音（堀江由衣 配音）；外表冷酷但实则非常腹黑的三乡雫（名冢佳织 配音）；天真直率，个性有些像男孩子的近堂水岛（阿澄佳奈 配音），在她们的陪伴下，濑能名津流开始了他的战斗。为何要战斗？白色肯普法究竟是谁？这一切的谜团等待着濑能名津流去揭开。 

目前，超级宅男土田直纯（日野聪 配音）在一所名叫花丸的幼稚园中担任老师的职务，在可爱的小朋友们的围绕下，每天都过着充满欢笑的生活。在个性单纯直率的杏（真堂圭 配音）的眼中，土田老师是世界上最最优秀的男人，她无视巨大的年龄差距，发誓漫长的余生，非他不嫁。在好友小梅（樱井真子 配音）和柊（高垣彩阳 配音）的帮助下，杏锲而不舍的一次又一次向土田老师发动着恋爱进攻。
　　可是，土田早就有了心上人——隔壁班的老师山本菜菜子（叶月絵理乃 配音）。不过，个性有些迟钝和天然呆的山本似乎对土田的心意没有半分察觉。在花丸幼稚园里，一出出轻松愉快的恋爱喜剧每一天都在上演着。

故事进入新阶段——在《POP IN 2》发行六个月后。在MEMcho的努力下，B Komachi即将迎来事业的突破。Aqua是一位多才多艺的女性，Akane也正稳步朝着成为一名优秀演员的目标迈进。与此同时，Kana失去了往日的开朗。而Ruby为了追查Ai和Goro死亡的真相，在娱乐圈崭露头角——她以谎言为武器。

音无结弦（神谷浩史 配音）死后来到了死后的世界。醒来后发现在一座学校里，一名叫仲村由里（樱井浩美 配音）的女孩让他加入“无法容忍死掉战线”组织，简称SSS。他们的任务就是要和敌人——神的代表学生会长天使立华奏（花泽香菜 配音）作战。由里是这条战线的领袖，只要反抗天使就能继续存在，消灭天使就能获得世界。还没恢复记忆的音无只好答应加入她们的组织，但是他发现天使刀枪不入，他们都是不会受伤和死亡的。所谓敌人和战斗都是针对天使立华奏一个人的。音无还没恢复记忆，他不清楚这样的行为是不是正当的。真相慢慢被揭穿，年轻的生命们早早夭折，到底是神的恶意玩笑还是另有安排....

苍月潮（畠中祐 配音）是一位身体瘦弱的平凡国中生，一次偶然中，潮在地下室里遇见了一只被封印长达五百年之久的妖怪，并于无意之中拔出了封印它的“兽茅”，使得妖怪重返人间。潮身上所爆发出来的惊人力量令妖怪震惊，它当即表示臣服于潮，于是，潮替妖怪取名“虎”（小山力也 配音）。成为了兽茅的继承人，潮的肩上负担起了斩妖除魔维护和平的使命，各路妖怪亦循迹而来，向他发出了挑战。在不断的合作和战斗之中，潮和虎之间结下了深厚的友谊，而两人亦被卷入了一个波及到整个世界的阴谋之中，而躲在兽茅背后的各路人马也一一出现在潮的身边。

《金田一少年事件簿R第二季》讲述名侦探金田一耕助的孙子金田一一和青梅竹马的好友七濑美雪等人解决一个个疑案的故事。金田一少年事件簿R改编自天树征丸原作，漫画家佐藤文也作画的著名长篇推理漫画「金田一少年事件簿」。