突然出现在人类面前的神秘飞翔体“灾”。意味着灾厄的此一存在凭借异样的战斗力凌驾于所有的航空战力之上。为对抗他们而开发的，便是对现有机体进行特别调整以实现超水准高机动力，被称为“子体”的兵器。负责操控的则是名为“阿尼玛”的操纵机构。它——竟拥有少女的外表。因“灾”的缘故而失去驾驶员母亲的少年“鸣谷慧”，他遇见了闪耀鲜红光辉的瑞典制战斗机以及驾驶它的阿尼玛“格里芬”。身为人类最终兵器却动作不稳定的格里芬，还有一心向往天空的少年，两人漫长且炙热的故事就此展开。
羽柴纯一（浅沼晋太郎 配音）是一个从小到大连女孩子的手都没有碰过的宅男，能够摆脱处男的标签成为了他十六岁这一年唯一的目标。一次偶然中，纯一得知，那些看上去很不好接近的辣妹能够帮助他实现愿望。于是，纯一找到了名为八女由加奈（长久友纪 配音）的金发辣妹，跪着恳求她同自己交往。 虽然知道纯一的心中打着怎样的算盘，善良的由加奈还是答应了他的告白，两人开始了交往。起初，由加奈只当纯一是一个单纯的傻瓜，可随着时间的推移，纯一渐渐展露的优点开始吸引她的注意。与此同时，纯一亦发现，由加奈虽然看上去十分泼辣，但观念上却意外的保守。
乔纳森·乔斯达与DIO决战后的一百年，DIO复活了。同时，乔瑟夫的孙子，空条承太郎发现自己有幽波纹（替身）能力，DIO的复活影响了没有替身抵抗能力的母亲，陷入病危情况；为了拯救命在旦夕的母亲，承太郎与乔瑟夫出发前往DIO的所在地——埃及。
《高达模型对战联盟》（GBN）是一款全新的网络游戏，玩家可以在虚拟的赛博空间（次元空间）中使用高达模型完成各种任务。中学生三上陆和好友日高雪男将同班同学八代桃华带入了这个广阔的世界。他们以“潜行者”的身份成为GBN的居民，并结识了对高达模型有着神秘感觉的少女莎拉，并开始与她并肩作战……陆发现了包括他的偶像冠军九条恭弥在内的众多知名潜行者的存在。他们还发现了由多名潜行者组成的名为“Force”的小队系统。此外，他们还面临着来自“Mass Divers”的干扰，后者使用非官方工具“Break Decal”。在经历了许多邂逅和经历之后，陆和他的朋友们不仅打造了高达模型，还踏上了属于自己的冒险之旅！
