《果宝特攻3》讲述了 菠萝吹雪 偶然间穿越到了 古代 的水果世界。古代水果尚未经过培植改良，都是野果， 菠萝吹雪 从他们身上学习到中华兵法及古代书画，立志成为为民除害的 英雄 。 菠萝吹雪 开始修复时光机的 旅程 ，竟然遇到了水果伙伴们的 祖先 ，最后帮助他们打败了 火龙果 ，并顺利回到 现代 。
一夜间惨变孤儿的张小凡被青云门收为弟子，经过五年刻苦修炼，他在师门七脉会武上大放异彩，后被派往空桑山打探魔教行迹，旅程中，他与师姐陆雪琪遭遇危难，并结识救护了魔教女子碧瑶，同时，新的危险也在前方等待着他。
故事发生在明朝末年，倭寇入侵，围棋界也遭受了前所未有的撼动和打击，代表着正义的围棋精神和代表着邪恶的围棋精神激烈交锋，平静的表象之下弥漫着浓烈的硝烟。江流儿（徐刚 配音）被父亲寄养在凌云寺，在那里，江流儿展现出了杰出的围棋天赋，受到了老和尚圆德（王肖兵 配音）的赏识。江流儿的父亲江灵运身为朝廷官员，在调查妖刀王（袁国庆 配音）通寇一案时发现了其中的蹊跷，随后被暗杀，江流儿成为了孤儿。在圆德和尚的鼓励之下，江流儿正式走入了围棋界，决心参加界内最权威的比赛——围棋国手大赛。然而，单纯善良的江流儿不谙世事，遭到了西金棋院的利用，他就像棋坛中的一颗炸弹，散发出了无穷的破坏力。
