《金田一少年事件簿R第二季》讲述名侦探金田一耕助的孙子金田一一和青梅竹马的好友七濑美雪等人解决一个个疑案的故事。金田一少年事件簿R改编自天树征丸原作，漫画家佐藤文也作画的著名长篇推理漫画「金田一少年事件簿」。
白明与御子地。住在绿意盎然的森林中的，两位小小的女孩子。在树洞里建造家、把树叶当做伞、坐在昆虫或鸟的背上……身高9厘米的话，这种事情也是能做得到的。不去悄悄地偷看一下吗？她们那安详而愉快，十分可爱的生活。
尤娜（斋藤千和 配音）是高华国的公主，从小生活在父亲的精心呵护之下，尤娜的性格单纯而又善良。尤娜一直暗恋着堂兄苏芳（小林裕介 配音），苏芳亦对尤娜爱护有加，然而，尤娜的父亲伊尔（赤城进 配音）却十分反对两人的交往。即便如此，尤娜依然无法放弃心中对于苏芳的爱恋，某日，她决定将这感情向父亲倾诉，却因此意外撞破了苏芳将父亲杀死的场面。就这样，尤娜和护卫哈克（前野智昭 配音）踏上了逃亡的旅途。忠诚的白龙季夏（森田成一 配音）、外冷内热的青龙弦亚（冈本信彦 配音）、温柔体贴的绿龙翟鹤（诹访部顺一 配音）、可爱的黄龙泽诺（下野紘 配音），只有得到了他们的帮助，尤娜才有可能获得生存的希望。
小日向光（铃木绘理 配音）是一个性格开朗大大咧咧的女孩，神经过于大条的她常常会不经大脑的干出一些让人发笑的蠢事来。大木双叶（茅野爱衣 配音）则和她恰恰相反，沉默内向胆小怕事的她常常因为这样的性格而失去交朋友的机会，但命运让这两个个性大相径庭的女孩子相遇了，她们共同加入了潜水部。虽然表面看来十分暴力但实际上也有着温柔体贴的一面的二宫爱（大西沙织 配音）、吐槽担当二宫诚（梅原裕一郎 配音）、潜水部的顾问，对潜水运动充满了热爱的火鸟真斗（伊藤静 配音），在朋友和师长的围绕下，双叶渐渐树立了自信，找到了努力奋斗的目标和方向。
