哈洛克 (S-00999)、大山藤一郎 (S-00998) 和艾梅拉达斯 (X-00001) 乘坐阿卡迪亚号逃离被侵略者伊鲁米达斯占领的地球。随后，他们被列入全宇宙通缉名单，通缉代号为 SSX，尽管遭到了 Illumidas 军队的攻击，他们仍然与包括外星人 La Mime 在内的同伴一起继续旅程，寻找他们认为存在于宇宙某处的乌托邦“阿卡迪亚”。战斗中，地球男孩物野忠、女孩利威尔和雪萤加入了队伍，班博士则担任船医。另一方面，伊路米达斯地球占领军命令年轻的天才科学家佐恩先生对阿卡迪亚号进行分析和调查，以建造一艘超越阿卡迪亚号的飞船。佐恩先生也踏上了前往阿卡迪亚的太空之旅。
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《雏逻辑～from Luck ＆ Logic～》改编自卡牌游戏《Luck & Logic》，这款卡牌游戏曾在2016年1月播出一季度TV动画，是以主人公和搭档们与魔神的战斗历程为主线。而此次的新作动画则一扫前作风格，讲述战争结束之后，一所定理者学校内的少女们的故事。主体世界观和合体设定虽然不变，但是少了前作的紧张和热血，转变为了轻百合日常。
