《果宝特攻3》讲述了 菠萝吹雪 偶然间穿越到了 古代 的水果世界。古代水果尚未经过培植改良，都是野果， 菠萝吹雪 从他们身上学习到中华兵法及古代书画，立志成为为民除害的 英雄 。 菠萝吹雪 开始修复时光机的 旅程 ，竟然遇到了水果伙伴们的 祖先 ，最后帮助他们打败了 火龙果 ，并顺利回到 现代 。
一个外号“睡神”的废材少年，因祸得福开启一门逆天功法。从此以后，一个肉体无双的奇才，横压天地，剑斩星辰，万千奇才在他脚下匍匐颤栗。
汉明帝授史家后裔班超青铜燕符，让他出使西域，寻找长生之法和梦中金佛。班超探寻隐匿于京城的高手，墨家传人、盗门后人，夜郎蛊师等三十六人同行。除却完成皇帝心愿，还为了寻求史家渊源以及陷害自己父亲的凶手。
传闻青冥山妖女苏晚嗜杀成性、作恶多端，正道盟少主沈清辞奉命下山除魔。可交手时，他却撞她救下稚童、对抗真凶的画面。一次次交锋，沈清辞发现所谓"妖女"竟是被污蔑的孤女，而正道盟高层才是阴谋的推手。当苏晚挥剑指向伪善者时，沈清辞毅然挡在她身前，对着满座正道高呼"妖女快住手有什么冲我来！"他以正道之名，护她一生周全。
用真诚善良美好来守护世界的三位天女和少年蓝天在经历混沌族大战后，遇到了新的危机—逃窜的混徒基拉度利用被抛弃玩偶的怨气卷土重来，大肆破坏人类世界的环境和安全，为了清除混乱元素，天女们踏上了寻找奏舞灵器的旅程。面对转学而来的任尔心的挑拨和捣蛋玩偶的阻碍，天女们不言放弃，战胜重重困难终于获得了奏舞灵器，不料基拉度偷走了奏舞灵器和朵法拉，召唤出混徒军团，计划在日食日解除混沌王也伮封印再次颠覆世界。为了人族所处的这个美丽的星球，瑞雪再天堂叔引导下成为新的天女，天女们温暖的关怀让尔心回归，成功拿回了奏舞灵器，正在大肆破坏环境的混徒军团一一被天女们的纯真和爱心净化。大决战时，天女们和混沌王斗智斗勇成功拿回朵法拉，同时成长为节奏天女，混沌王被消灭，世界继续在主张维护环境关爱内心的天女们的守护下继续美丽祥和
紫殿学院校长皇尚跟亲生女儿甜丝丝失散多年，日夕思念，终在机缘巧合下重遇丝丝，皇尚大为安慰。久别重逢，皇尚对丝丝宠爱有加，事事以丝丝的喜好为大前提。丝丝可爱聪颖，活泼天真，惟自小缺乏严父的督促，加上于低下层的生活环境影响下，沾染了不少恶习，有欠淑女的风范。皇尚身为城中名校的校长，为不少家长栽培出色的子女，皇尚也决心把丝丝重新教导成一个品学兼优、高贵优雅的淑女。 丝丝天性好玩，而且早已习惯自由自在的生活，于必须规行矩步的校园中做出不少捣蛋惹笑的行为，为严肃的校园带来了新气象。丝丝在学校认识了几位好友心柔柔、华伦和武状元，好友们的性格各有特色，亦各有长短，四个小孩走在一起，一同学习，一同经历，为平淡的校园生活加添了不少欢笑。
