在本季《超级飞侠12》中，超级飞侠依然会接收来自世界各地小朋友的电话，为小朋友定制他们需要的特别的东西，并将东西送到他们手上。当小朋友们遇到困难，乐迪会请求总部的帮助，超级飞侠将带来拥有各种属性的愿望能量球，和小朋友们一起摇身一变成为酷炫的愿望守护者，陪同小朋友一起解决问题。而上一季新登场的三位超级飞侠新成员：恐龙飞机超级飞侠大壮、速食卡车超级飞侠糯糯、高速火车超级飞侠咚咚，也会在这一季中展示他们的过人之处。而当困难升级，超级基地也会变成超级机器人，跟超级飞侠一起陪小朋友们度过难关。
叶修成立兴欣公会，在第十区的公会斗争中大获全胜，创纪录地50级杀入神之领域，银武千机伞吸引了众职业选手们注意。嘉世视叶修为眼中钉，进入网游挑衅，却被叶修狠狠挫败。叶修开始为成立战队做准备——拾荒混战中，结识拾荒高手毁人不倦；遭到各大俱乐部通缉，却与蓝雨前队长魏琛重逢；卧底霸图公会，发掘出牧师小手冰凉的才能。就在叶修率领新成员们，为参加挑战赛而努力训练的同时，嘉世的赛绩竟一落千丈，濒临出局！一旦嘉世出局，便会成为兴欣踏入职业圈的最大劲敌！叶修与嘉世老板陶轩，两位旧友的矛盾一触即发！
少年牧尘，资质卓绝，出生于北灵境九大域之一牧域。其父为牧域域主，其母身份神秘，在牧尘年幼时被迫离开，他立下誓言，要找回母亲。他凭借天赋被审判之镜选中进入竞技历练，在历练时救了陷入困境的少女洛璃，两人产生了懵懂的感情，相约以后一起进入北苍灵院。 作为北灵境独个能进入竞技的人，却在一年后因别人算计被诬陷为“灵路血祸”的凶手而被逐出比赛。不屈的牧尘机缘巧合下遇到九幽雀，获得神功。通过刻苦训练，参加学院面向牧域的海选，突破至尊境界并取得冠军，得以进入北苍灵院学习。 为了救母亲，牧尘要变得更强，他与九幽雀为了寻找能让自身进步的不朽图纸，闯入精彩绝伦的大千世界，来到疆域辽阔的大罗领域。在经历腥风血雨后，牧尘救出自己的母亲，消灭了为祸人间的邪族，从草根少年成长为撼动大陆、为善除恶的大英雄，同时收获了爱情和友情。 在《斗破苍穹之大主宰》第四季中，牧尘是否能参加圣灵山之争夺？与龙魔宫的恩怨能否解决？娘亲的身份？一切尽在《斗破苍穹之大主宰》第四季！
