孤单伫立于京都寺町三条商店街的古董店“藏”。女高中生真城葵偶然地与“藏”店主的儿子家头清贵相识，并开始在“藏”打工。清贵虽然言行举止很温和，却具备令人恐惧的敏锐直觉，人称“福尔摩斯”。葵和清贵一起，开始受理与客人所带来的古董有关的各种各样的委托。
继萌宝战警第二季之后，宇宙邪恶势力世星大帝以及余党铁算盘、塔库玛司令之类再次受到挫败，萌宝战警拯救了地球上的恐龙等古生物，这些活化石见证了整个地球的繁衍盛衰，同时也回归到了适合的生存环境，它们将于人类和谐共处。
当青春热血与篮球相遇，京北附中的少年们还将继续向前！
