在本季《超级飞侠12》中，超级飞侠依然会接收来自世界各地小朋友的电话，为小朋友定制他们需要的特别的东西，并将东西送到他们手上。当小朋友们遇到困难，乐迪会请求总部的帮助，超级飞侠将带来拥有各种属性的愿望能量球，和小朋友们一起摇身一变成为酷炫的愿望守护者，陪同小朋友一起解决问题。而上一季新登场的三位超级飞侠新成员：恐龙飞机超级飞侠大壮、速食卡车超级飞侠糯糯、高速火车超级飞侠咚咚，也会在这一季中展示他们的过人之处。而当困难升级，超级基地也会变成超级机器人，跟超级飞侠一起陪小朋友们度过难关。
小师爷充满智慧和勇气，梦想成为一名顶天立地的师爷，并得到《师爷宝典》。一个神秘人物出价黄金千两收购《师爷宝典》，形形色色的人为了得到千两黄金，纷纷赶往江南古城寻找《师爷宝典》，给江南古城和小师爷家带来了麻烦。小师爷顺藤摸瓜，找到了幕后神秘人，解决危机。
故事延续第二季主线，灵界与斗魂卫在利益纠葛之下冲突不断，本季灵界派出强盛军队欲对斗魂卫赶尽杀绝，两方势力都在以正在举办门宗大会的五法山为中心汇集，在这里发生着惨烈的战斗与冲突。
该国产动画短片集以“极致情绪+独立命题”为创作命题，不限制创作形式，与团队一同探索动画的可能性，旨在共同创作出风格各异各具特色的原创短片，携手中国动画人登上世界舞台。 一千个人心中有一千个哈姆雷特，本季主题“英雄“，团队将在自己选择的情绪组合的基础上，书写一个自己心中的“英雄”故事。
