2031年，由于作为次世代能量装置而开发的“量子反应堆”的暴走事故，世界剧变。突然从地下蔓延的闪光，吞噬都市楼群、覆盖大地，最终，超越、融合了生物、机械、植物的未知特异进化生物“B.R.A.I”出现了。7年后，翔龙重生为绝对防卫都市“新翔龙”。它以惊人的速度完成进化，并成为与陷人类于灭亡危机的B.R.A.I相对抗的人类最后的希望要塞。被命运所引导而集合在新翔龙的雷昂、可依、坤灵、道格。将他们迎入防卫军的塞西尔、凯恩、杰、格伦。于是，赌上人类存亡而战的特殊部队“潘多拉”诞生了。契约之时，希望被托付给了他们——
故事发生在车水马龙充满了无数时尚潮流元素的原宿。在这里，有一间名为“PARK”的商店。温柔体贴不善于表达自己的感情的须藤璃都（春奈露娜 配音）、极具个性拥有自己的主见不轻易动摇的白子真理（上坂堇 配音）和智商超高容易陷进自己的世界之中无法自拔的绵䌷琴子（石见五菜香 配音）共同经营着这间商店。让三人没有想到的是，有一天，竟然真的发生了外星人进攻地球的戏码，不仅如此，人类还处于劣势，险些一败涂地。这时，一位名叫丸野美沙（天野心爱 配音）的神秘少女出现在了三人的面前，非常热爱原宿风格的她以及三名少女，似乎成为了人类最后的希望。
由人类思想和情感产生的“电子脉冲”被用作人工智能辅助装置“Sapotama”的能量来源。在这一惊人发展的阴影下，出现了可怕的怪物。数码兽是通过消耗电子脉冲进化的生物。天马智郎在与突然从他的Sapotama中出现的月光兽相遇后，经历了一段非同寻常的经历。在与泽城京以及赏金猎人小队“黄金黎明”的其他成员一起生活期间，智郎重新下定了决心。人类和数码兽将创造出怎样的未来？
一种名为“卡巴内”的钢铁怪物忽然出现在人类社会之中，造成了巨大的恐慌。被它们袭击过的人类，会拥有起死回生之能力，并且亦开始袭击同类。在怪物猛烈的进攻之下，人类社会很快就四分五裂，幸存下来的人们建立起了城寨“驿”，靠着彼此互通有无苟且残存。驿与驿之间，唯一能够通行的交通工具是装甲蒸汽机车。生驹（畠中祐 配音）是一名以蒸汽锻冶为业的热血少年，他发明了武器“贯筒”，希望能够为消灭卡巴内贡献出自己的力量。一次偶然中，生驹邂逅了神秘的少女（千本木彩花 配音），与此同时，一场暴走事件的发生使得生驹所生活的显金驿彻底沦陷，卡巴内不断的产生着，生驹并没有选择逃跑，而是拿起武器，挺身而出。
