天才脑科学家白月魁为救恩师霍恩进行了脑移植术，却不想霍恩受到西弗残存意识的影响......琼斯盗取了天使再生剂注射到19号实验体上引起了一系列异变。同一时间，久川市因为瘟疫感染变成了一片人间炼狱，市长白靖宇和人工智能ASH为了抵御联盟的入侵誓死不降，却不想等到一切尘埃落定之时，真正的末日却来临了……
故事发生在从近未来到两百年后的历史跨度上，地球文明被三体用一种叫做智子的超级科技锁死，基础研究因而停滞不前。但人类仍然需要在此基础上不断前进来抵御即将到来的三体人的进攻，守卫自己的家园和人类文明。在更广大的基础上，三体文明和人类文明都是黑暗森林下的猎手，小心翼翼的保护好自己并且清理别人，为文明的存续而挣扎。
东方青苍大战后重返苍盐海，竟落入孔雀军师的陷阱，一波未平，一波又起，另一边，战神赤地频繁现身于小兰花的梦境之中，所为何意？东方青苍与小兰花的冤家旅程行至半途，游离于三界之外的影三界进入众人视野，一个关乎三界平衡的巨大隐秘逐渐浮出水面。
