《果宝特攻3》讲述了 菠萝吹雪 偶然间穿越到了 古代 的水果世界。古代水果尚未经过培植改良，都是野果， 菠萝吹雪 从他们身上学习到中华兵法及古代书画，立志成为为民除害的 英雄 。 菠萝吹雪 开始修复时光机的 旅程 ，竟然遇到了水果伙伴们的 祖先 ，最后帮助他们打败了 火龙果 ，并顺利回到 现代 。
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小师爷充满智慧和勇气，梦想成为一名顶天立地的师爷，并得到《师爷宝典》。一个神秘人物出价黄金千两收购《师爷宝典》，形形色色的人为了得到千两黄金，纷纷赶往江南古城寻找《师爷宝典》，给江南古城和小师爷家带来了麻烦。小师爷顺藤摸瓜，找到了幕后神秘人，解决危机。
陆羽作为一个穿越者（可有可无），来到一个遍布诡异的世界小心翼翼的生活了16年。尽管十分谨慎，但还是意外撞见邪教徒祭祀现场，被邪教徒盯上，危难之际，他觉醒了系统，制造怪物，打败邪神眷属。然而，随着他“视野”的开阔，他所认识的人，所接触的事越来越多，直到他发现人类缺少的秘密。
