在《纳米核心》的里世界中，各位主角配角以及龙套们，都要在“纳米学院”中学习生活。大家在这个世界不那么认真地上课、考试、过着奇奇怪怪的校园日常，并不正经地保护着这个世界，以及不停地用各自的方式向大家“表示友好”。
导游事业屡屡不顺的光头强偶然捡回丢失的缩小手电筒，为吸引游客他建造了一个微观乐园。正当他带着缩小后的两熊去体验微观乐园时突遇暴风雨，缩小手电筒意外丢失了……
