《果宝特攻3》讲述了 菠萝吹雪 偶然间穿越到了 古代 的水果世界。古代水果尚未经过培植改良，都是野果， 菠萝吹雪 从他们身上学习到中华兵法及古代书画，立志成为为民除害的 英雄 。 菠萝吹雪 开始修复时光机的 旅程 ，竟然遇到了水果伙伴们的 祖先 ，最后帮助他们打败了 火龙果 ，并顺利回到 现代 。
在青州崭露头角的楚枫随青龙宗主李长青参加青州最高盛会百宗大会，与强悍霸道的凌云宗主燕扬天结仇。殊不知，百宗大会名为宗门比试，实为燕扬天的一场惊世阴谋。 随着实力的不断提升，楚枫领悟金、蓝双色神雷之力。然而，神雷之力意外惊动了沉睡多年的冰火双珠，好友苏柔苏美为救楚枫被双珠 夺舍，危在旦夕。为救好友，楚枫踏上万妖山寻宝之路，誓要以此救出紫袍界灵师妖猴王，搭救二苏。途中，楚枫结识皇朝少年姜无殇，重遇天赐神体又身世神秘的少女紫铃，并终于和名震天下的同宗师兄——“翼盟”创始人张天翼相认。最终，在蛋蛋、紫铃、姜无殇、张天翼等人的肝胆相照和自身实力的不断提升下，楚枫寻得修罗鬼斧、救出妖猴王、成功搭救二苏，识破凌云宗主燕扬天的阴谋，最终力挽狂澜、化解九州危机。并为解开自己的身份谜团，踏上更广大的东方海域......
一个发生在江小白身上的故事：一段消失的记忆，一枚随身携带的玻璃球，一封封来自十年前的邮件，一个出现在幻觉里的少女，一个现实中相遇的女孩，记忆碎片拼织在一起……关于十年前的那场意外，一个男孩和两个女孩之间命中注定的缘分，十年后的再次相遇，遗憾、愧疚背后的真相一层层揭开……
