这里是，“人”“神”“魔”各种族混杂的神秘世界密斯塔尔希亚。世界免于巴哈姆特复活引发的崩坏，在那之后过了10年——新的“人”之王袭击“神”之神殿，攻陷“魔”之国度。从濒临毁灭的状况得到复兴以及更进一步的发展，王都为“人”带来了财富。作为王都复兴的食粮而沦为奴隶的“魔”，以及随着信仰心的消失而失去力量的“神”。在逐渐失去均衡的世界中，“人”“神”“魔”各自的正义相互交错……
为了对抗突然出现的人类之敌「涅洛伊」，世界各国组成了联合军。但能够与他们对抗的，仅有具备特殊魔力的少女们而已……。由联合军主导的柏林夺还作战终于启动，再次成军的第501统合战斗航空团「强袭魔女」，在新的501成员「服部静夏」加入后，与涅洛伊的殊死战斗逐渐扩大化！究竟柏林的天空能否得到解放！？
哈洛克 (S-00999)、大山藤一郎 (S-00998) 和艾梅拉达斯 (X-00001) 乘坐阿卡迪亚号逃离被侵略者伊鲁米达斯占领的地球。随后，他们被列入全宇宙通缉名单，通缉代号为 SSX，尽管遭到了 Illumidas 军队的攻击，他们仍然与包括外星人 La Mime 在内的同伴一起继续旅程，寻找他们认为存在于宇宙某处的乌托邦“阿卡迪亚”。战斗中，地球男孩物野忠、女孩利威尔和雪萤加入了队伍，班博士则担任船医。另一方面，伊路米达斯地球占领军命令年轻的天才科学家佐恩先生对阿卡迪亚号进行分析和调查，以建造一艘超越阿卡迪亚号的飞船。佐恩先生也踏上了前往阿卡迪亚的太空之旅。
TROYCA官宣十周年纪念作始动决定！
