《果宝特攻3》讲述了 菠萝吹雪 偶然间穿越到了 古代 的水果世界。古代水果尚未经过培植改良，都是野果， 菠萝吹雪 从他们身上学习到中华兵法及古代书画，立志成为为民除害的 英雄 。 菠萝吹雪 开始修复时光机的 旅程 ，竟然遇到了水果伙伴们的 祖先 ，最后帮助他们打败了 火龙果 ，并顺利回到 现代 。
第二季故事舞台将以暗流涌动、风雨欲来的地界为背景延伸至更广阔，大人物小人物的恩怨情仇、各势力间复杂的利益斗争、灵界入侵的阴谋始末和主角一行人在乱世洪流中的使命抗争。
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继萌宝战警第二季之后，宇宙邪恶势力世星大帝以及余党铁算盘、塔库玛司令之类再次受到挫败，萌宝战警拯救了地球上的恐龙等古生物，这些活化石见证了整个地球的繁衍盛衰，同时也回归到了适合的生存环境，它们将于人类和谐共处。
本剧讲述一群孩子为了守护城市的安宁，与自己的陀螺兽一起对抗利用陀螺兽做坏事的反派的故事。主人公心奇拥有一只名为霸王龙的陀螺兽，他们每天过着吵吵闹闹却欢乐的生活。但某天出现一群叫“异兽兵团”的人，他们通过窃取城市的能源来强化自己陀螺兽，甚至抓别人的陀螺兽据为己有。为了守护城市的安宁，和阻止他们伤害陀螺兽，心奇与伙伴们通过陀螺竞技的方式与之战斗。在这过程中，他们与自己的陀螺兽共同成长，人宠之间的情感不断加深。
全剧以轻松活泼和张弛有度的方式表现人和宠物和谐共处、共同成长的主题，传递爱护动物的正能量。同时通过陀螺竞技来传达不屈不饶、永不言败的竞技精神，在孩子心中树立起积极健康的正面价值观。
