《果宝特攻3》讲述了 菠萝吹雪 偶然间穿越到了 古代 的水果世界。古代水果尚未经过培植改良，都是野果， 菠萝吹雪 从他们身上学习到中华兵法及古代书画，立志成为为民除害的 英雄 。 菠萝吹雪 开始修复时光机的 旅程 ，竟然遇到了水果伙伴们的 祖先 ，最后帮助他们打败了 火龙果 ，并顺利回到 现代 。
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诡秘复苏，魑魅横行，人间沦为尸山血海，唯有身具图案者能觉醒为神纹师，成为乱世微光。白血病者化白翼天使，湿疹患者成河流之主，过肩黑龙纹者臂覆龙鳞、一拳震山。正道家族出身的秦绝重回灾变前一日，他违逆祖宗遗训，在身躯刻下禁忌神纹——前胸奈何桥连通地府，牛头马面驱亡魂，十殿阎罗、酆都大帝坐镇；后背四大天使垂眸而立，圣洁威严。身负天堂地府的秦夏，誓要以禁忌之姿，杀穿这病入膏肓的世界！
本片以巴斯德为核心，串联起动物学、植物学、古生物学、微生物学、生物医学及现代生物技术等相关学科的有趣知识。延续《我的牛顿教练》《门捷列夫很忙》等纪录片的动画表现风格，以生动、幽默的叙事手法，将更多的生物学知识普及给观众。
