唐贞观初年，一系列带有神秘色彩的案件频发，先是操作死尸的傀儡术案，接着又是古老的汉代游侠刺客组织重现，利用木人诅咒以及山鬼和天雷等一系列围绕宫廷权贵和皇室秘史的灵异事件屡现。校尉尉迟方无法破案，“娘子军”统领平阳公主之女拂云也屡被卷入案中，幸得隐居于长安的青年才俊李淳风频频相助，利用中国古典医学、术数学、方技侦破案件。而在此过程中，李淳风也与拂云惺惺相惜，萌生爱意。然而为了完成和亲沙陀共讨突厥的使命，两人终以“参商星”喻之，天各一方。
明朝后期，内忧外患。朝野之上皇储之争，边陲东南有海盗横行，西北有瓦剌崛起。锦衣卫周淮安虽对政治斗争毫无兴趣，但对东厂也是深恶痛绝，在师傅的劝阻下，他并未与东厂正面对抗。为保忠臣老英王唯一的儿子英观镇，他站到了东厂的对立面；后来，又为给老英王正名，成为打击东厂黑暗势力的第一反抗者；在经历了诸岛历险后，周淮安不仅提升了武功，成为受列岛势力尊敬的三十六岛岛主，也开阔了眼界，变成为国为民的侠之大者。而一路施展毒辣手段最终登上皇位的敬王——敬皇，在大权在握后，终于明白为君之道，为老英王平反，平定叛乱，并大胆打开“海禁”，使东南沿海商贸有序，海上丝绸之路初具规模，又在西北边境开市，让古丝绸之路得到了恢复。而周淮安此时辞官归隐，与金镶玉同行，前往西北去寻找在平乱之后重开龙门客栈的邱莫言。
