千百年来，女娲与原始天魔分别代表着正义与邪恶，自女娲创造出人类那天起，正与邪的较量就从未停止过。为统治人类，天魔派出天地盟主将神兽魔化，攻下了玉龙国。南宫城主南宫逸差遣儿子南宫问天和女儿南宫问雅代表自己到民间帮助受难的众生。兄妹二人各有绝活，他们和玉灵龙一起与天地盟主展开了殊死搏斗。杀至你死我活之机，神兵兽兽破壳而出，演化为神兵天晶，他与问天兄妹、玉灵龙一起，决意打败天地盟主，救出身处险境的父亲。于是，他们一路收集神兵神兽，历经千难万险，向邪恶势力发起了进攻......本片取材于香港漫画大师黄玉郎的《神兵玄奇》。
继萌宝战警第二季之后，宇宙邪恶势力世星大帝以及余党铁算盘、塔库玛司令之类再次受到挫败，萌宝战警拯救了地球上的恐龙等古生物，这些活化石见证了整个地球的繁衍盛衰，同时也回归到了适合的生存环境，它们将于人类和谐共处。
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