《果宝特攻3》讲述了 菠萝吹雪 偶然间穿越到了 古代 的水果世界。古代水果尚未经过培植改良，都是野果， 菠萝吹雪 从他们身上学习到中华兵法及古代书画，立志成为为民除害的 英雄 。 菠萝吹雪 开始修复时光机的 旅程 ，竟然遇到了水果伙伴们的 祖先 ，最后帮助他们打败了 火龙果 ，并顺利回到 现代 。
失去所有器官的王命穿梭在欲望世界，希望变回一个正常人，历经生死，完成最终挑战，王命终于能实现自己心中的欲望。 “我希望这个世界变得富强、民主、文明、和谐……” 欲望之神：“啊？”
小师爷充满智慧和勇气，梦想成为一名顶天立地的师爷，并得到《师爷宝典》。一个神秘人物出价黄金千两收购《师爷宝典》，形形色色的人为了得到千两黄金，纷纷赶往江南古城寻找《师爷宝典》，给江南古城和小师爷家带来了麻烦。小师爷顺藤摸瓜，找到了幕后神秘人，解决危机。
