《果宝特攻3》讲述了 菠萝吹雪 偶然间穿越到了 古代 的水果世界。古代水果尚未经过培植改良，都是野果， 菠萝吹雪 从他们身上学习到中华兵法及古代书画，立志成为为民除害的 英雄 。 菠萝吹雪 开始修复时光机的 旅程 ，竟然遇到了水果伙伴们的 祖先 ，最后帮助他们打败了 火龙果 ，并顺利回到 现代 。
萧羽重生得知T病毒将席卷S市，丧尸还会持续进化，常规躲避方法失效。绝境中他意外激活系统，击杀丧尸可组建“职业女神战队”。萧羽救下安小冉，成功激活系统后战队成立，二人发现系统空间可共享，便开启疯狂囤货模式，从商场仓库到屠宰场一路扫荡。
