该剧讲述了一个中共地下党员和一个国民党情报人员之间长达7年的“无间道”式故事。许少清和刘永强是“三和无线电学校”同窗好友，分别服务于中共上海地下党和国民党军统局。他们各自表现出色，一次一次向组织提供了关键情报，为抗日战争的胜利立下功勋。解放战争来临，让许少清和刘永强彼此成为未知的对手。他们机智地化解了一次又一次针对自己严厉审查，绝处逢生！终于有一天，他们怀疑对方就是自己千方百计要为组织清除的卧底。针锋相对，错综复杂，设下一个又一个陷阱，试图让对方显形。辛晴是许少清的上线，也是他的爱人，可因为工作纪律的限制，他们始终向组织隐瞒着。为了挖出隐藏在内部的间谍，取得淮海战场的关键情报，辛晴违心地命令许少清和追求他的军统上司女儿章嘉雯结婚。但是辛晴却没想的，章嘉雯不久就怀孕了。刘永强虽然潜伏在中共地下党内，却暗恋他的上司辛晴，可最终他为了防止自己身份暴露，设计杀害她。上海胜利解放前夕，许少清和刘永强终于展开了殊死的较量。辛晴为了保护爱人、发出情报，牺牲了自己的生命。许少清斗智斗勇，战胜了刘永强，看到了新中国的曙光。郭晓峰饰演的黄哲是个信仰坚定的共产党员，他长年领导我地下党同仁与敌特斗智斗勇，可惜终因叛徒告密而入狱，后英勇就义。
唐贞观初年，一系列带有神秘色彩的案件频发，先是操作死尸的傀儡术案，接着又是古老的汉代游侠刺客组织重现，利用木人诅咒以及山鬼和天雷等一系列围绕宫廷权贵和皇室秘史的灵异事件屡现。校尉尉迟方无法破案，“娘子军”统领平阳公主之女拂云也屡被卷入案中，幸得隐居于长安的青年才俊李淳风频频相助，利用中国古典医学、术数学、方技侦破案件。而在此过程中，李淳风也与拂云惺惺相惜，萌生爱意。然而为了完成和亲沙陀共讨突厥的使命，两人终以“参商星”喻之，天各一方。
胡、苗、范、田四个家族的恩恩怨怨皆起源于一个传说：明末李闯王起义失败后，留下了一个收尽人间财富的宝藏，而通往宝藏的钥匙分别由闯王的四大护法胡、苗、范、田四人保管。由于宝藏的巨大魔力，江湖上、朝廷中从来就没有停止过对这四个家族极其传人的搜捕，甚至这四家传人都在相互明争暗斗，人人都想将宝藏占为己有。这日，胡家传人胡一刀（黄秋生 饰）与苗家传人苗人凤（方中信 饰）相约进行生死决斗。正当两人激斗正酣时，田家后人田归农（谭耀文 饰）为了宝藏的秘密趁机在暗处用毒杀害了胡一刀。胡一刀死前奋力将儿子胡斐（聂远 饰）交给了忠仆阿四带走，交托他好好抚养。一转眼胡斐长大了，他以为当年是苗人凤将父亲杀死，为了报杀父之仇，他踏入了险恶的江湖四处寻找苗人凤。
