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1614年，德川家康73岁，年迈的他为了第三代将军继承人人选的问题而烦恼。难以决断的德川家康将决定的权利交给当时势均力敌的两大忍术宗家，它们分别是甲贺流和伊贺流。在前人服部半藏的调解下，曾经水火不容的两家签下了“不战条约”，但在权利和政治的挑拨之下，条约被撕毁了 。两家各派出十名忍者，他们要相互残杀直至仅剩一方幸存，而幸存方所支持的对象即可成为下一代将军。其中，甲贺流的头领甲贺玄之介（鸟海浩辅 配音）与伊贺流的头领胧（水树奈奈 配音）在战前曾经是两情相悦的恋人，与此同时，甲贺流与伊贺流的一些成员之间也有着复杂的感情纠葛。但是此时此刻，仿佛被丝线牵引的人偶，他们必须摒弃所有的感情，展开一场血腥残酷的厮杀。

本片由四个短片组成。《九十九》健硕的手艺人在山中突逢暴雨，他仓促间在一座祠堂歇脚，谁知里面别有洞天。被人用烂丢弃的雨伞和绸缎将他团团围住，手艺人不为所惧，拿出随身携带的针头线脑缝补这些充满悲怨的旧物。《火要镇》商人之女若（早见沙织 配音）和邻家男孩年松吉（森田成一 配音）青梅竹马，两情相悦 。但是家境悬殊的二人终究有缘无分。即将出嫁的小若不慎引燃烛火，可在那一刻她却突然停止灭火呼救的念头。 　　《GAMBO》某座山村饱受巨大的赤鬼困扰，村民不得不将少女奉献出去以求苟存。村中最后一个女孩（田村睦心 配音）在森林里遇见可怕的白熊，她诉说了心中的苦衷，而白熊却像听懂了一般杀向赤鬼的老巢。《别了武器》一伙全副武装的战士来到早已成为废墟的都市，他们高度戒备，全力备战，只为围捕一辆无人驾驶的战车。