《果宝特攻3》讲述了 菠萝吹雪 偶然间穿越到了 古代 的水果世界。古代水果尚未经过培植改良，都是野果， 菠萝吹雪 从他们身上学习到中华兵法及古代书画，立志成为为民除害的 英雄 。 菠萝吹雪 开始修复时光机的 旅程 ，竟然遇到了水果伙伴们的 祖先 ，最后帮助他们打败了 火龙果 ，并顺利回到 现代 。
种兵沈辣天生阴阳眼，在云南边境抓捕毒枭任务中，偶入古滇国山洞，遭遇远古祭祀干尸复活，沈辣小分队几乎全军覆没。在这危急时刻，神秘白发男子吴勉将沈辣和缉毒警察孙德胜一并救出。干尸事件后，二人机缘巧合进入“民俗事务调查研究局”，在一次次超自然事件中逐渐成长，揭开另一个世界的面纱。这是一个无处不在却不为人知的世界这个世界里，有一个神通广大隐匿在世人视野之外的神秘部门 有一群身怀秘术活得风生水起的凡人 还有那些超脱了轮回却依旧混迹凡尘的传奇 于芸芸众生而言，他们是看不见摸不着却又实实在在的坚强护盾 于邪魔外道而言，他们是令人欲除之而后快的眼中钉肉中刺 而对他们自己而言，他们只是有血有肉的人 有爱有恨，有喜有悲，身在大千世界，心怀大千世界 微不足道，却又重要无比。
导游事业屡屡不顺的光头强偶然捡回丢失的缩小手电筒，为吸引游客他建造了一个微观乐园。正当他带着缩小后的两熊去体验微观乐园时突遇暴风雨，缩小手电筒意外丢失了……
