《果宝特攻3》讲述了 菠萝吹雪 偶然间穿越到了 古代 的水果世界。古代水果尚未经过培植改良，都是野果， 菠萝吹雪 从他们身上学习到中华兵法及古代书画，立志成为为民除害的 英雄 。 菠萝吹雪 开始修复时光机的 旅程 ，竟然遇到了水果伙伴们的 祖先 ，最后帮助他们打败了 火龙果 ，并顺利回到 现代 。
超迷你战士与超超迷你战士通力合作，利用加减乘除的力量将所有烦恼星人全部变回烦恼蛋。但新的烦恼星人“恶果大王”就此登场，想女皇和萌的乱来之力让超迷你战士和烦恼星人频繁变人。另一边，疯癫的旋女贝比又来捣乱，超麻烦战士又惹出了大麻烦。正能量的女娃博士率领超迷你战士和超超迷你战士齐心协力打败烦恼和麻烦，拯救人类。
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