《果宝特攻3》讲述了 菠萝吹雪 偶然间穿越到了 古代 的水果世界。古代水果尚未经过培植改良，都是野果， 菠萝吹雪 从他们身上学习到中华兵法及古代书画，立志成为为民除害的 英雄 。 菠萝吹雪 开始修复时光机的 旅程 ，竟然遇到了水果伙伴们的 祖先 ，最后帮助他们打败了 火龙果 ，并顺利回到 现代 。
本部的故事不仅描绘了长城守卫军以及都护府的日常生活，还从不同阵营角色的视角来展现云中漠地的生活场景。不管是驻守边疆的长城守卫军，还是劫富济贫的马帮阵营，无论是家乡已荒芜一片的百年古人还是流浪在外的落魄王子，每个人都有自己要守护的那方天地，为了守护和平的生活，为了守护彼此的梦想，为了守护消逝的文化，为了守护家乡的人民……一个人的力量虽然有限，但守护彼此的信念却令他们无坚不摧。正是这份信念，让原本是陌生人的他们彼此欣赏，惺惺相惜，并收获了超越物质的“宝贵财富”。
炼气修至66665层却仍不能筑基成功的主角白秋然得到了关于一个神秘的古石碑的线索，这个线索暗藏可助他筑基成功的秘法，白秋然决定下山一探究竟。
