《果宝特攻3》讲述了 菠萝吹雪 偶然间穿越到了 古代 的水果世界。古代水果尚未经过培植改良，都是野果， 菠萝吹雪 从他们身上学习到中华兵法及古代书画，立志成为为民除害的 英雄 。 菠萝吹雪 开始修复时光机的 旅程 ，竟然遇到了水果伙伴们的 祖先 ，最后帮助他们打败了 火龙果 ，并顺利回到 现代 。
传说，在世界顶点的十二个使徒中，祐尔曼是公认最强的存在。但同时他也是最让人类猜不透的使徒，因为没人知道他想要什么，财富？名声？势力？这些在他眼里都不值一提。而如今，这样一个传说中的使徒竟然悄悄的出现在了人类帝国的军队中。人类中隐藏的邪恶势力蠢蠢欲动，使徒力量的出现让各方势力躁动不安。
