乔纳森·乔斯达与DIO决战后的一百年，DIO复活了。同时，乔瑟夫的孙子，空条承太郎发现自己有幽波纹（替身）能力，DIO的复活影响了没有替身抵抗能力的母亲，陷入病危情况；为了拯救命在旦夕的母亲，承太郎与乔瑟夫出发前往DIO的所在地——埃及。
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在第二次新吉翁战争、别名‘逆袭的夏亚’终结后，地球圈取得了短暂的和平。这之后3年，宇宙世纪0096年。在工业殖民地“工业7号”上进行了一项秘密交涉。和地球联邦政府有秘密协议，并依此发展的‘毕斯特财团’打算将过去用以威胁联邦的最高机密“拉普拉斯之盒”交给新吉翁的残党军“袖章”。
住在安第斯山脉的印第安男孩佩佩罗在十岁生日的第二天目睹了传说中的“黄金秃鹰”，并踏上了前往黄金城埃尔多拉多的旅程，据说那里有可以拯救穷人的宝藏。这次旅程也是为了寻找七年前前往黄金国后失踪的父亲卡洛斯的下落，以及在看到“黄金秃鹰”那天遇到的女孩奎娜失去的记忆。
木手英一（藤田淑子 音）是一个运动神经超级不发达但头脑极为灵光的日本小学生，他的祖先奇天烈斋曾是江户时代著名的发明家，生前著有《奇天烈大百科》，里面收集了他本人各种各样神奇的发明。英一继承了祖先热衷发明的基因，他偶然找到那本著作，按照书中的说明造出了会说话的机器人可罗（小山茉美 音）。以武士自居的可罗喜欢吃可乐饼或薯饼，个性善良却爱哭鼻子。英一在可罗和小伙伴的帮助下造出各种好玩、实用的道具，给他们带来许多快乐……
