故事延续第二季主线，灵界与斗魂卫在利益纠葛之下冲突不断，本季灵界派出强盛军队欲对斗魂卫赶尽杀绝，两方势力都在以正在举办门宗大会的五法山为中心汇集，在这里发生着惨烈的战斗与冲突。
围绕中国的一个普通航天家庭展开，讲述大宇和小晓的宇宙探索，讲述他们与父母之间的亲情，讲述他们与其他“小航天员”的友谊。2125年之后，人类进入了大航天时代。在这个时代里，月球成为交通枢纽，火星有了城市聚落，小行星带遍布采矿工厂，就连最远的冥王星也有了科考前哨站。通过“现实同步，量子通信，航天机械”技
烦恼星人入侵地球，制造各种各样的烦恼，让你起不了床，读书记不住，体重爆表！这些烦恼持续太久后，还会把你也变成烦恼星人，人类就此陷入灭种危机！幸好，钻石天文台智商500的女娃博士用“勇气”和“快乐”研制出了超迷你战士，用正能量帮助你打败烦恼星人！你是不是，有说不出的烦恼？呼叫呼叫！超迷你战士马上来到！
