因为这是我们的归属“Kivotos”是一座由数千所学校组成的巨大学术城市。在这里，持枪学生之间争吵的景象每天都可见。其中，被沙土覆盖的阿拜多斯高中面临关闭的危险。“对策委员会”的五名学生努力摆脱困境。故事从主角遇见名为“老师”的成年人开始。
1999 年，为了使人进化为“完美的个体”，由NEO（Next Environment Organization）领导并开始实行BESTMAN计划，但是结果是失败了。试验将尊者ヤクスギ进化成了拥有无限再生能力的カンケル（Cancer）。不仅如此，作为整个人类社会的敌人，カンケル的目的就是消灭整个人类，但是首先他就必须要消灭一直保护着人类的共生免疫体——ベターマン（Betterman）。而当时在场的其他几位幸存着则把カンケル存在的消息以一种蛋白质的形式传播出去，并引起人类自毁灭的DNA程式，它所造成的离奇疾病就是アルジャーノン，而这种疾病的目的就是召唤出人类的免役体ベターマン。
