大门大意外地遇到了亚古兽，两人见面就大打出手，亚古兽战败后称大门大 为大哥，但是数码特搜部队（DATS）不容许未受其队员管理的数码兽留存在这个世界上，必需送回数码世界，而后汤岛告诉大若加入DATS他就可以跟数码世界的强敌战斗，大因此加入DATS，与淑乃及托玛组成小组，一同解决数码事件。托玛发现日本的数码事件频率增加并非偶然，因此请假回到欧洲调查，发现根源来自于人类的七宗罪。而比丘兽的事情让大他们知道了其幕后黑手是究极体数码兽——墨丘利兽搞的鬼，也因此决定动身前往数码世界。而在数码世界，他们见到了一个人类小孩——郁人，他自称数码兽，对人类怀有怨恨。
个性开朗同时又成熟稳重的阿红（小松未可子 配音）和弟弟清次（夏木淳弥 配音）过着相依为命的生活，两人共同经营着一件名为出云屋的古董店，店里所售卖的，全部都是有着上百年历史的老古董，时间的精华凝聚在这些古董上，使得这些看似普通的物品上被附着了名为“付丧神”的灵体，而这些付丧神们，会帮助将它们买回家的主人们解决遇到的种种问题。沉默寡言性格非常冷漠的野铁（奈良彻 配音）、如同满月一般圆润，性格古板而又认真的月夜见（仲野裕 配音）、老成而又稳重的五位（平川大辅 配音）、美艳不可方物的公主（明坂聪美 配音），这些付丧神们在人类的悲喜前展现出了他们对于人生的不同见解。
C.E.70年2月，地球联合军与ZAFT之间的武装冲突由于“染血的情人节”悲剧而全面升级为地球圈规模的战争。C.E.71年6月，在“非我即敌”的观念驱使下，地球联合军悍然发动了对中立国家奥布联合酋长国的侵略。当战斗进行到最激烈的时候，少年真飞鸟失去了父母和妹妹。唯一的遗物就只有妹妹掉落的手机。获救之后，背负着家仇的真黯然离开了故土奥布前往PLANT。两年后，他成为了ZAFT的战士......
