在《超迷你战士第六季:史前大冒险》中时间追溯到了原始时代,原始人正在遭遇各种各样的烦恼,而这些烦恼是被负能量所化的“烦恼精灵”造成的!发明超过500的女娃先知制造出了充满正能量的“超迷你战士”迷你勇和迷你萌,开始了以打败烦恼精灵为目标的史前大冒险!在冒险中他们不仅认识了强族先知和不那么平凡的原始人“阿焰”,还发现了烦恼精灵的惊天秘密,先知与超迷你战士是否能突破迷雾找到真相,打败烦恼,守护世界和平呢?
灰太狼受神秘人袭击后被抓走,小羊们根据蛛丝马迹将他寻回,却发现灰太狼眼神变得空洞呆滞,疑似大脑受到损伤。为解救同伴,喜羊羊带着伙伴们借助灰太狼发明的“脑波机”进入到灰太狼的大脑世界,他们在脑海里一个个光怪陆离的区域中历险,同时也认识到很多新的朋友,帮助他们探求真相找寻让灰太狼恢复正常的方法。大家历尽艰险眼看真相快要浮出水面了,不料灰太狼突然陷入昏迷,更大的危机正步步逼近……