小春野白绢、凤薇薇安、诸星つぽみ虽然年龄不大，却拥有神奇的变身能力，可以变身为普通人20倍大的巨大战士，为保护东京与疯狂的怪兽们展开战斗。她们每次变身的时间只有3分钟，但就是在这短短的３分钟内，她们往往可以轻易的击败对手，及时制止罪案的发生……
佐仓羽音（上田丽奈 配音）是刚刚进入高中，即将展开崭新的高中生活的十四岁少女，在开学的第一天，羽音在机缘巧合之下目睹了一辆风驰电掣的摩托车从自己的身边驶过，就此一发不可收拾的对帅气的摩托车产生了浓厚的兴趣，甚至就此加入了学校里的摩托车部。个性认真而又谨慎的铃乃木凛（东山奈央 配音）、虽然看上去大大咧咧但一遇到有关摩托车的事情就意外的认真的田野恩沙（内山夕实 配音）、身为有钱人家的千金小姐但却格外渴望成为不良少女的三之轮圣（山口立花子 配音）、沉默寡言一切都是谜团的川崎来梦，和这些少女们一起，羽音骑上了专属于她的摩托车。
由人类思想和情感产生的“电子脉冲”被用作人工智能辅助装置“Sapotama”的能量来源。在这一惊人发展的阴影下，出现了可怕的怪物。数码兽是通过消耗电子脉冲进化的生物。天马智郎在与突然从他的Sapotama中出现的月光兽相遇后，经历了一段非同寻常的经历。在与泽城京以及赏金猎人小队“黄金黎明”的其他成员一起生活期间，智郎重新下定了决心。人类和数码兽将创造出怎样的未来？
