年老将死的江离遭人暗算，服下假延寿丹，却意外觉醒超神修改系统。他将低阶易容术改成霸道修罗诀，隐息术升级为顶尖无相绝息术，垃圾采气诀更是蜕变为万界吞灵魔功。实力一日千里的江离，不再是任人宰割的垂死老者。他逆势崛起，凭借强横实力收服冷酷宗主，降服火辣师姐，以修改万物的逆天能力，在这强者为尊的世界里，踏出一条无人能挡的至尊之路。
故事发生在明朝末年，倭寇入侵，围棋界也遭受了前所未有的撼动和打击，代表着正义的围棋精神和代表着邪恶的围棋精神激烈交锋，平静的表象之下弥漫着浓烈的硝烟。江流儿（徐刚 配音）被父亲寄养在凌云寺，在那里，江流儿展现出了杰出的围棋天赋，受到了老和尚圆德（王肖兵 配音）的赏识。江流儿的父亲江灵运身为朝廷官员，在调查妖刀王（袁国庆 配音）通寇一案时发现了其中的蹊跷，随后被暗杀，江流儿成为了孤儿。在圆德和尚的鼓励之下，江流儿正式走入了围棋界，决心参加界内最权威的比赛——围棋国手大赛。然而，单纯善良的江流儿不谙世事，遭到了西金棋院的利用，他就像棋坛中的一颗炸弹，散发出了无穷的破坏力。
故事延续第二季主线，灵界与斗魂卫在利益纠葛之下冲突不断，本季灵界派出强盛军队欲对斗魂卫赶尽杀绝，两方势力都在以正在举办门宗大会的五法山为中心汇集，在这里发生着惨烈的战斗与冲突。
末世来临，生灵涂炭，人类文明危在旦夕，我，末世避难所的所长，肩负重振人类希望的重担！总裁、电工、程序员等职业人在末世无用武之地？别怕，来我的地下系统避难所辅佐我吧，we need you！
