第二季故事舞台将以暗流涌动、风雨欲来的地界为背景延伸至更广阔，大人物小人物的恩怨情仇、各势力间复杂的利益斗争、灵界入侵的阴谋始末和主角一行人在乱世洪流中的使命抗争。
平凡的打工人裴谦意外绑定财富转换系统，给了他花钱经商，重来人生的好机会。然而系统规定盈利一百才挣一块，亏钱却能全落自己腰包。为了亏钱，裴谦选择了风险高，烧钱快的游戏行业，故意制作了一款款违背市场规律的“另类”游戏，却一次次意外走红，挣得盆满钵满，痛苦地成为了众人眼中崇拜的“商业奇才”，可只有裴谦心理清楚，我真的只想亏钱啊．..
随着武魂融合技的锋芒消散，切磋赛最终以唐舞麟所带领的一年级组获胜而告一段落。片刻宁静后，一年级生们的期末考试也如期而至。学院提出的种种难题令众人捉襟见肘，唐舞麟等人也不例外。他们使出了各自的看家本领，为通过考试，跌跌撞撞的踏上了明都之行……
继萌宝战警第二季之后，宇宙邪恶势力世星大帝以及余党铁算盘、塔库玛司令之类再次受到挫败，萌宝战警拯救了地球上的恐龙等古生物，这些活化石见证了整个地球的繁衍盛衰，同时也回归到了适合的生存环境，它们将于人类和谐共处。
