在与暗之科学王国的战斗之后，千空一行人以让史丹利等人占领珀耳修斯号为代价，成功捕获了杰诺。为了躲避猛烈追击，千空一行人以石化光线发源地南美为目标启程！千空与杰诺决定短暂联手，结合彼此的知识，共同逼近那令人憎恶的「光」的真相！为了拯救人类的未来，千空将与伙伴们携手，全力开拓属于他们的「科学之道」！！
告别了多灾多难的初中时代，升入高中的宇佐和成（井口佑一 配音）下定决心度过平稳安和的三年，并与一名清纯温柔的少女共享难得的青春时代。在学校图书馆，宇佐偶然邂逅专心读书的前辈河合律（花泽香菜 配音），不禁心思荡漾。恰逢此时，宇佐的父母调动工作，为了能够自由生活，他计划入由河合住子（小林沙苗 配音）担任管理员的河合庄，结果却遭遇了小学时代的变态同学城崎（四宫豪 配音）、男人缘超级差的锦野麻弓（佐藤利奈 配音）和调皮腹黑女渡辺彩花（金元寿子 配音）。原打算从怪人世界逃脱，当得知小律也在此居住时，他却身不由己地留了下来。充满未知的青春时代，笑与泪共存的故事就此上演……本片根据宫原琉璃的漫画改编。
