在本季《超级飞侠12》中，超级飞侠依然会接收来自世界各地小朋友的电话，为小朋友定制他们需要的特别的东西，并将东西送到他们手上。当小朋友们遇到困难，乐迪会请求总部的帮助，超级飞侠将带来拥有各种属性的愿望能量球，和小朋友们一起摇身一变成为酷炫的愿望守护者，陪同小朋友一起解决问题。而上一季新登场的三位超级飞侠新成员：恐龙飞机超级飞侠大壮、速食卡车超级飞侠糯糯、高速火车超级飞侠咚咚，也会在这一季中展示他们的过人之处。而当困难升级，超级基地也会变成超级机器人，跟超级飞侠一起陪小朋友们度过难关。
少年秦阳资质斐然，拥有令人艳羡的修炼神器“星门”，奈何这份幸运却在一夕间被人夺走。濒死时，秦阳体内尘封至宝“封神珠”开启，自此恢复前九世记忆，获得新生。同时，家族陷入前所未有的危机，面对重重考验，秦阳独当一面，凭借前九世积攒的经验和阅历，一次次突破困境。岂料，阴谋家们依然步步紧逼，为了守护珍视之人，秦阳选择抗争到底。
第12季讲述了白月初被涂山雅雅带到危险的“圈外”发动了她的独门绝技镜花缘，唤醒了白月初失落的记忆，揭开了东方月初当年是如何在道盟推动人和妖和平的背后故事。
