为打击日益严重的犯罪，内地警方应港府要求，派遣向东（徐锦江 饰）、京生（林国斌 饰）、郭学军三名警员，以偷渡客的身份登陆港岛。在港期间，香港警署程Sir作直接领导，本土探员大大（万梓良 饰）协助办案。他们混入内地犯罪集团，惩治烂仔小兴、击毙江家四兄弟，行动干练，手段凶狠。但他们的作风却不为程Sir所欣赏，另一方面，江家兄弟之死也掀起黑帮的复仇怒火，大大更因此丧命。 应京生当年战友阿虎之邀，三人假装参与银行抢劫团伙，暗中则和警方联合，意欲将抢劫团伙一网打尽。然行动前夜，突生变故……
重案组布网围剿国际毒枭，突然杀出一组蒙面悍匪“黑吃黑”，更冷血屠杀众警察。重案组督察张崇邦（甄子丹 饰）亲睹战友被杀，深入追查发现，悍匪首领竟是昔日战友邱刚敖（谢霆锋 饰）。原来敖也曾是警队明日之星，而将敖推向罪恶深渊的人，却正是邦。宿命令二人再次纠缠，一切恩怨张崇邦如何作出了断……
在一建筑工地出土一具千年古尸，整个城市的磁场受到干扰。古尸被送到研究中心，阿仁奉命负责保卫工作。天情是天姬的传人，在处理灵异事件的同时追查邪王的下落天情担心邪王会来争夺古尸，建议将古尸焚烧，但阿仁坚持执行上级部门命令要留下古尸做研究。邪王勾结罗兰抢走千年古尸，意图在七星连珠之夜借助星辰之力解开封印。人邪大战，一触即发。
哥斯拉突然从海底出现，于东海村登陆将市内的建筑物及发电厂完全破坏，虽然自队向哥斯拉展开猛烈攻击，但却完全阻止不了它前进。另一方面，危机管理情报局的官博士于茨城县的海沟发现直径200米的古代陨石，後来陨石内的有机物质与哥斯拉相遇并自我进化成巨大怪兽奥加，而哥斯拉就与奥加在西新宿展开一场生死战。
