《仁医2》完结篇延续前篇剧情，历史依旧向着既定方向有条不紊的前行，更多耳熟能详的历史角色悉数登场。南方仁（大泽隆夫 饰）以大夫的身份在江户时代生存了下来，所开设的医馆仁友堂亦步入正轨。一天他得知橘咲（绫濑遥 饰）的母亲患了当时普遍的脚气病，由此决意制作并普及可治愈该病的点心。与此同时，坂本龙马（内野圣阳 饰）出现在仁面前请求帮助。仁随龙马来到京都救治胜海舟的师父佐久间象山，竟从苏醒的后者口中得知了惊人的往事……禁门之变后京都满目疮痍，原本留下救人的仁被新撰组带至萨摩藩救治西乡隆盛。此后，坂本龙马牵线西乡隆盛与长州藩，促成萨长同盟。亲历着幕末日本局势的陡然巨变，仁对自己之于这个时代意义有了崭新的认识。在不远的未来，他将重新邂逅寻找新生活的野风（中谷美纪 饰），前篇中围绕在他们周身的谜团亦将逐一得到解答。
通过司法考试预备考试，20岁就成为律师，在大型法律事务所就职的白泽真实（滨边美波）虽然法律知识很扎实，但因为不懂世故和顽固的头脑，无法让他工作。有一天，事务所的前辈律师负责了行李箱案件…。委托人绵贯依里子虽然受到了大型建筑公司的名门子弟的性损害，但由于金钱和权力的关系，事实被扭曲，被迫忍气吞声。无法忍耐的依里子决定委托在网络上寻找的“复仇代理承包业”男子进行复仇。但是，复仇代理总觉得有些奇怪，即使汇款也完全没有动手复仇的迹象。确信是欺诈的真相为了处理法律，让依里子把男人引诱出来。被邀请出来的男人正是欺诈师黑岩贤介（冈田将生）。拥有法律知识的正义女主角和拥有欺诈诡计的黑暗英雄因意外的事件组成搭档，向依里子的魔爪——名门子弟复仇。
