主人公·翔子是就读于流星学园中等部的中学生。和她很亲密的姐姐·响子，自从5年前去海外留学后就失去了行踪。某天，身份不明者突然袭击了翔子。袭击了她的是过去被女神雅典娜所封印的邪神厄里斯的手下·邪精灵。于是翔子得知了雅典娜以及圣斗士、圣斗少女的存在，同时也知道了自己和姐姐的残酷宿命。灵魂被封印的邪神厄里斯即将复活，邪精灵们也变得活跃。在星矢等人展开银河战争以及与十二宫的恶斗的另一面，沙织和圣斗少女借助黄金圣斗士的力量，展开了与邪精灵的壮烈战斗！并且，恶之撒加也有了复活的征兆……。将一切的钥匙掌握在手的，是为了成为圣斗少女而刚刚开始锻炼的翔子！即使被残酷的命运击倒，少女们仍然反抗命运。少女们与诸神的壮烈战斗物语开幕！
一颗流星将邪恶击落至浩瀚银河的最远端。宇宙地狱挡住了他们的去路。愤怒吧，正义的大剑号！（片头旁白）银河联邦奋力反击由罗伯莱昂将军率领的麦哲伦帝国，后者主要从他们的星球“帝国”入侵银河系，但由于其压倒性的军事实力，他们陷入了劣势。与此同时，每隔950年就会接近“帝国”的彗星“魔星”的力量唤醒了“帝国”的守护神大剑号。“帝国”的二王子利格尔和他的同伴们骑乘大剑号，发动了反击。
